Tras la muerte de Shao Kahn, Shinnok ataca a la Tierra con su ejército de fuerzas de Netherrealm, incluidos los guerreros de Earthrealm, que murieron durante la invasión de Shao Kahn y fueron resucitados, pero ahora están bajo el control de Quan Chi. Después de luchar contra sus antiguos compañeros, Johnny Cage, Sonya Blade y Kenshi, junto a un equipo de ataque, abren un portal a la Cámara Jinsei, la fuente de la fuerza y vida del Reino de Earthrealm, donde Raiden y Fujin están luchando contra Shinnok. Ellos distraen a Shinnok tiempo suficiente para que Raiden pueda robar el amuleto de Shinnok y encarcelarlo dentro del amuleto, pero Quan Chi logra escapar.

La historia se desarrolla 25 años después de los últimos hechos de Mortal Kombat 9, poniendo énfasis en los veteranos de edad, nuevos personajes y los descendientes de última generación de los combatientes anteriores. El tráiler del Modo Historia fue lanzado en febrero de 2015, y contó con las primeras apariciones oficiales de nuevos personajes como Cassie Cage (hija de Johnny Cage y Sonya Blade), de Jacqui Briggs (hija de Jax), de Kung Jin (primo de Kung Lao) y de Takahashi Takeda (hijo de Kenshi).