Tras los sucesos de ocurridos en el juego anterior, Raiden al absorber toda la energía negativa inducida por Shinnok en la cámara Jinsei, tiene un cambio de personalidad a una oscura y radical que busca deshacerse de los enemigos de Earthrrealm. Mientras tanto, un misterioso enemigo observa los eventos desde las sombras.

Mortal Kombat 11 presenta una característica de Variación personalizada que ofrece un sistema de personalización de personajes similar al sistema Gear en el videojuego de lucha anterior de DC Comics de NetherRealm Studios Injustice 2, mejorando con el sistema de variación presentado en Mortal Kombat X. Cada personaje tiene un conjunto inicial de atuendos, armas y movimientos, que el jugador puede personalizar aún más. Sin embargo, a diferencia de Injustice 2, en Mortal Kombat 11 la apariencia de los personajes no determina sus habilidades, lo que permite a los jugadores crear listas de movimientos personalizados independientemente de la apariencia de su personaje.