Soldiers' Soul incluye dos modos historia diferentes:

El primero se llama “Leyenda del Cosmo,” el cual narra desde la saga de las 12 Casas hasta la saga de Hades. Es muy similar al presentado en Soldados Valientes, pero en vez de contar con imágenes en 2D, Soldiers' Soul cuenta con cinemáticas completamente en 3D y también recrea varias escenas de la serie, desde la muerte de Cassius hasta la ejecución de la Exclamación de Athena, incluyendo momentos con NPCs, como Kiki y Freya.

El otro modo de historia se llama “Batalla de Oro,” en que el 12 caballeros de oro pueden usar sus armaduras divinas para jugar una breve, pero diferente historia con cada uno. Muchas batallas de estilo ¿y qué tal si? tienen lugar, como Dohko de Libra vs. Alberich, Saga de Géminis vs. Kanon Y Aioros de Sagitario vs. Seiya.